En matière de maladies rares et/ou qui nécessitent des traitements très coûteux, le Fonds spécial de solidarité, doté d'un budget tournant autour de 4,5 millions d'euros, intervient pour des patients dans le besoin après décision du Collège des médecins directeurs. Si ce budget peut paraître modeste, il rend néanmoins des services à plus de 500 patients incapables d'engager des dépenses qui peuvent atteindre 150.000 euros par an. Le Collège est néanmoins confronté à pas mal de difficultés portant sur la fixation des prix, la médecine par les preuves et le fait d'éviter d'interférer avec la procédure classique via la Commission de remboursement.